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低温、干燥和隔绝空气是使微生物代谢能力降低的重要因素，所以，菌种保存方法虽多，但都是根据这三个因素而设计的。
保存方法大致可分为以下几种：
1.斜面低温保存法
将分纯的待存菌接种于适宜的固体斜面培养基上，得到充分生长后，用封口膜封口，贴上标签，保存于4℃的冰箱中。此法操作简单、使用方便、不需要特殊设备，是实验室菌种保存最常用的方法。但保存时间短，一般每个月都要移种1次，而且菌种容易变异，所以此方法只适合实验室短期实验菌株的保存。
2.半固体琼脂法
用接种针将以分纯的待存菌，穿刺接种于半固体中，放入培养箱培养后出，封上无菌的液体石蜡，贴上标签，放4℃冰箱保存。此方法简便易操作，不需特殊设备、技术难度不大，但保存的时间不长，一般只能保存1年以内，而且对抵抗力弱以及一些特殊菌种大概只能存活3～6个月，需要频繁的传代，这样很容易使菌株受到污染、变异。所以此方法不适用菌种的长期保存，只适合实验室一些要求不高的菌种的短期保存。
3.液体石蜡保存法
将液体石蜡灭菌，放于37℃恒温箱中，使水汽蒸发掉备用。再将已分纯的待存菌 在最适宜的斜面培养基中培养，使得到健壮的菌体，用无菌吸管吸取已灭菌的液体石蜡，注入已长好的斜面培养基上，用量以高出斜面1cm为准，将试管直立，贴上标签，置4℃下保存。此法制作简单，不需要特殊设备，菌种可以保存1年左右不需要经常移种，缺点是保存的时候需要直立放置。此方法适合实验室短期保存，而且保存时需要一定的空间。
4.高层半固体琼脂石蜡保存法
将待存菌经平板划线分离后，挑单个菌落用接种针反复穿刺接种到高固体琼脂培养基中，经培养箱培养后取出，用灭菌过的液体石蜡滴加到半固体琼菌种管表层约0.5cm高度，贴上标签，存放4℃冰箱。此法操作简便，不需要特殊设备，效果好，可以保存菌株1～2年。所以适合实验室菌株的较长期的保存。
5.纸片法
将已分纯的待存菌用无菌镊子镊取纸片，在纸片上刮取4～5个菌落，入冻存管内，盖上盖子后用封口胶布封住边缘，贴上标签，放入冰箱冷冻保存(－20℃左右)。此方法具有操作简单、不需特殊设备、经济实用、保存空间小等而且保存时间至少2年，但对一些营养要求比较高的菌种，存活率不理想。所以方法适合实验室一些营养要求不高的菌种较长时间的保存。
6.甘油液保存法
将已分纯的待存菌接种于肉汤中，37℃培养18～24h，然后按5份肉汤溶液、2份甘油－生理盐水保存液的比例分装于灭菌的微量离心管或细胞冻存管中，贴上标签，置－80℃～－20℃冰箱保存。此法操作简便，不需要特殊设备，效果好，可以保存菌种3年左右，无变异现象，而且此方法还可以保存一些要求较高的特殊菌种，适用范围广。所以此方法适合实验室普通菌种或特殊菌种的较长期的保存。
